Monitoring and Modelling Water Reservoirs and Lakes
A joint project IFCA - Ecohydros SL
The project on monitoring and modelling water reservoirs and lakes was started in 2005 in the course of the analysis made by the SME company Ecohydros at the Itoiz water reservoir.
The main monitoring platform currently in operation was installed at the Cuerda del Pozo water reservoir in 2008, and has been collecting data regularly since 2010, including daily profiling down to 30m. measuring physical, chemical and biological indicators. The data can be accessed online through the web portal
(ask for a login id to marco@ifca.unican.es)
The data acquisition and its integration into the e-infrastructure at IFCA was supported by the FP7 EU project DORII (see https://dorii.eu)
Along the last four years the LIFE+ project ROEM+ (see http://www.roemplus-life.eu/ ) has resulted in a large advance in the understanding of the water reservoir
Using eDNA
IN PREPARATION (JMdL, 16 Jan 2015)
Initiative to cover wide zones with citizen science http://michiganlakes.msue.msu.edu/uploads/files/Convention_Presentations_Thursday/Maggie_Kronlein_Early_Detection_of_AIS_Using_eDNA.pdf
Separate between live and dead cells providing eDNA material http://el.erdc.usace.army.mil/elpubs/pdf/ansrp12-2.pdf
THOMSEN et al 2014 http://www.math.ku.dk/~wiuf/journalWiuf/molEcol21.pdf
Molecular Ecology: PERSPECTIVE Conservation in a cup of water: estimating biodiversity and population abundance from environmental DNA DAVID M. LODGE, et al.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3412215/pdf/mec0021-2555.pdf
Ancient and Modern eDNA PEDERSEN et al.
http://rstb.royalsocietypublishing.org/content/370/1660/20130383
Data Life Cycle
STILL IN PREPARATION (JMdL, 4 Sept 2013)
First an introductory article about the interest of open data publication & preservation: stephaniehampton.pdf
How NASA Earth missions (satellites) requires a data management plan: nasadatamanagementplanguide.pdf
WE MAY FOLLOW THE EXAMPLE OF LTER in ENVEurope, http:www.enveurope.eu
Check also the Curation section.
See the recommendations from Data Curation Center (UK) presented at 2013 meeting:
http://www.dcc.ac.uk/resources/curation-lifecycle-model
See the document prepared by Jose Juarez in 2012 datalifecycle.pdf
TAXONOMY
from papers, via OCR: txocr.pdf
GBIF report gbif.pdf
Access
The Platform at CdP
The Platform at Cogotas
Data Formats in use
See the document prepared by Jose Juarez in 2012 dataformats.pdf
See an example of (corrupt) xml file written in Escritorio\Dorii\xml (copied by JMdL in Aug2013) CabeceraTrios201087.zip
On site visits
Cianoficeas
http://www-cyanosite.bio.purdue.edu/images/images.html
http://oklahomawatersurvey.org/?p=531
En cuanto a los análisis de cianobacterias, se han obtenido los valores de biomasa (en términos de biovolumen expresado en mm3/m3) para cada una de las tres especies principales identificadas en el embalse en el año 2010.
En este sentido, es preciso destacar que la mayor proporción de biovolumen corresponde a Anabaena sp.(83%) seguida por Aphanizomenon flos-aquae (16%), ambas especies consideradas como especies potencialmente tóxicas. Por su parte Woronichinia naegeliana,presente en un proporción baja (1%), es una especie de cianobacteria sobre la que hay dudas de su toxicidad (ver Willame et al, 2005). Además en Octubre de 2011 fueron detectadas algunas colonias de Microcystis flos-aquae, también catalogada como especie potencialmente tóxica.
Asimismo, en el año 2010 durante el periodo de proliferación estival de cianobacterias, fueron detectadas bajas concentraciones de la toxina cylindrospermopsina, (Quesada, comm.per). Estos resultados están en consonancia con algunas publicaciones publicaciones europeas recientes que destacan el papel de los géneros Anabaena y Aphanizomenon como productores de cylindrospermopsina (Brient et at., 2008).
anabaena0010.tif; aphanizomenon0001.tif; woronochinia0001.tif; Microcystis.tif
DESCRIPCIÓN GENERO ANABAENA
Anabena presenta filamentos solitarios, en ocasiones formando agregados. Pueden ser rectos, curvados o enrollados regular o irregularmente. Las células tienen formas variadas, desde sub-esféricas a cilíndricas. Es habitual la presencia de vesículas de gas. Los heterocistos aparecen en posiciones intercalares y suelen presentarse en solitario o, excepcionalmente, en pares. Los acinetos aparecen en solitario o formando hileras de hasta 5 ó 6 acinetos y se sitúan por lo general separados de los heterocistos, generalmente con varias células vegetativas entre ambos, aunque también pueden ser adyacentes, como ocurre en A. lemmermanii. TOXINAS PRODUCIDAS: anatoxinas, cylindrospermopsina, microcistinas, saxitoxinas.
DESCRIPCIÓN GENERO APHANIZOMENON
Filamentos rectos y generalmente solitarios o, en algunas especies, formando agregados muy característicos denominados “fascículos”. Los filamentos suelen estrecharse hacia los extremos, donde aparecen células terminales de formas variadas (cilíndricas, sub-cilíndricas o en forma de flecha) y ligeramente más estrechas que el resto del filamento. Es habitual que dichas células terminales sean total o parcialmente hialinas y de mayor longitud que las células vegetativas. Las células vegetativas son por lo general más largas que anchas, presentando formas diversas desde elipsoides o en forma de barril hasta cilíndricas. Los heterocistos se sitúan en posiciones intercalares y pueden ser sub-esféricos, elipsoidales u ovalados. Los acinetos presentan formas características de cada especie pudiendo ser sub-esféricos, elipsoidales, ovoides o, en algunas especies, cilíndricos, alcanzando en este último caso longitudes varias veces superiores a las de las células vegetativas del filamento al que pertenecen. En cuanto a su posición, también característica de cada especie, pueden presentarse inmediatamente al lado de los heterocistos o separados de ellos por varias células vegetativas y nunca, salvo rotura de filamento, en posición terminal. TOXINAS PRODUCIDAS: anatoxinas, cylindrospermopsina, microcistinas, saxitoxinas.
DESCRIPCIÓN GENERO WORONICHINIA
Colonias microscópicas más o menos esféricas, habitualmente compuestas por sub-colonias. Las colonias de la especie Woronichinia naegeliana presentan una forma arriñonada característica. Las colonias están envueltas en un mucílago fino, que forma pedúnculos en el centro de la colonia. Las células tienen forma desde sub-esféricas ligeramente elongadas a ovaladas u ovoides. En las colonias maduras, las células se agrupan formando una densa capa en la periferia de la colonia. En ocasiones, pueden observarse células libres de las colonias que quedan situadas en la periferia de la colonia de la que proceden. TOXINAS: microcistinas. Hasta el momento sólo existen evidencias parciales de la toxicidad de Woronichinia naegeliana (ver Williame et al, 2005), mientras que en España dicha producción de toxinas no ha podido demostrarse.
DESCRIPCIÓN GENERO MICROCYSTIS
Colonias microscópicas o, en ocasiones, macroscópicas, flotantes, con formas de esféricas a irregulares, en algunos casos compuestos por sub-colonias , con células densamente agregadas, rodeadas por un mucílago común , fino, más o menos homogéneo. Las células son esféricas o semiesféricas después de la división, sin envueltas individuales y presentan vesículas de gas visibles al microscopio. La forma de las colonias, el aspecto del mucílago y el diámetro de las células son las características más importantes en la delimitación de especies dentro de este género. TOXINAS PRODUCIDAS: microcistinas.
NEW PROJECT PROGAIA: CO2 AND CH4 MEASUREMENT IN WATER RESERVOIRS
Other Ideas: Underwater Modem
ULM.
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